大阪の司法書士・行政書士のまえかわです。
登録免許税のおさめ方は、原則は現金納付となっております。
納付書で銀行等から入金し、その控えを登記申請書に貼り付けて申請する方法。
一応これが原則です。
ところが、実際の司法書士実務としてはほとんどが印紙でおさめられています。
これは、提出する法務局に印紙売り場が通常あり、金融機関に納付しに行く手間が省けるためです。
それでも、高額の登録免許税を納付するときや、遠方の法務局に郵送するとき（低額のときは送りますが、ある程度の額になると怖いですので）などは、司法書士も現金納付を利用することもあります。
たまに現金納付のときは、納付書はどこあてにするんだっけ？となります。
司法書士事務所で勤務していたときは、毎回事務員の方が納付書を税務署に発行してもらってそれで納付していました。その納付書に記載する住所、名前は司法書士でもよいと聴き、何度か司法書士名で入金した記憶がありますが本来なら、納税義務者（申請者）の住所、氏名を記載すべきだと考えます。
税務署のWEBサイトによると、
登録免許税の納付は「納税義務者が受ける登記等の事務をつかさどる登記官署の所在地」
とありますので、提出する法務局のあるところを管轄する務署というのが原則かと思います。
ですが、実際には国税はどこあてに納付してもよいようで、違う税務署あてになっていても、そのまま登記は進むはずです。（ちなみに納付書に記載する住所、氏名も本来なら申請者を書きますが司法書士を記載しても、だれを記載しても、ほとんど登記所では見ていないと思われます）
久しぶりだったので、念の為に法務局に確認しますと、
「申請者（納税義務者）の住所地管轄の税務署あてでよいです」
との新しい返答でした。
物件は名古屋、申請人は大阪。
まあ、まとめますと、納税する先の税務署管轄にはそれほど神経質になる必要はないということでしょうか。
ですが、司法書士のみなさまは念のためご確認頂いたほうが無難ですね。
因みに、現金納付の納付書を自分で記入する時に必要な情報は、
①税務署名・税務署番号 ②納付者の住所、氏名 ③金額 ④税目（登録免許税）ぐらいでしょう。
銀行などに行って、納付書もらって手書きで①を書いてもいいはずなので、わざわざ税務署に印字の納付書を取りに行く必要もないですね。
追記（R5.1.31） 現在では、金融機関に登録免許税の納付書を置いているところはまずないと思われます。よって、自分で税務署名を記載する機会は昔と違ってなくなりました。これ以降、郵送申請が増え、うちの事務所では、ほぼ現金納付で納付書で納付していますが、管轄関係なく、ある納付書で納付しても全くもって問題ないです。
悠里司法書士・行政書士事務所（大阪市福島区） 代表 司法書士・行政書士 前川郁子